1995年，东南大学为适应当时国家对交通建设人才急切需求的大好形势及加强交通运输学科建设的需要，在原运输工程研究所、交通运输工程系的基础上组建成立交通学院。
2000年4月，原东南大学与（铁道部）原南京铁道医学院、（交通部）原南京交通高等专科学校、（国土资源部）原南京地质学校合并，成立新东南大学。其中，原南京交通高等专科学校及原南京地质学校的部分学科、专业并入交通学院，组建成立新交通学院。
东南大学交通学院历史悠久，是目前国内高校交通学院（系）中综合实力处于前列的学院之一，是国内交通领域教学与科研新思想、新理论、新方法的重要研究基地与人才培养基地。学院下设八个系（所）、一个研究中心及三个产业机构，拥有“交通运输工程”学科博士后科研流动站、“交通运输工程”和“土木工程”两个一级学科博士点、八个二级学科博士点和十二个硕士点，其中，“道路与铁道工程”和“交通规划与管理”两个学科设有“长江学者”特聘教授岗位，设置了七个本科专业。
目前，交通学院已形成老中青相结合、以青年人为主体、结构合理、富有创新开拓精神的学术队伍，拥有博士生导师31人，硕士生导师42人，教授和副教授100余位，其中有国务院学科评议组召集人、国家863战略专家组成员、全国“五一劳动奖章”获得者、国家教育部跨世纪优秀人才、交通部跨世纪优秀人才、国家青年杰出基金获得者、国家“百千万人才工程”入选者、长江学者奖励计划“特聘教授”、国家级教学名师等多名学术精英。学院现有在校博士研究生200余名、硕士研究生500余名，本科生1400多名。在 “2002年中国大学研究生、本科生各专业第一名·工学”的评选中，“交通规划与管理”和“道路与铁道工程”两个研究生专业，以及“交通工程”本科专业排名全国同类专业的第一。
近年来，交通学院潜心于学科建设，成绩斐然：2002年交通运输规划与管理学科以全国同类学科排名第一的成绩被评为国家重点学科；2006年岩土工程学科被评为江苏省重点学科；交通运输工程一级学科2007年被评为国家重点学科；交通信息工程与控制学科被评为东南大学重点学科。“道路交通系统规划建设与管理”项目被评为东南大学国家教育振兴行动计划（“985工程”）四个“重中之重”学科建设项目之一；“现代交通系统建设及可持续发展” 项目被列入国家“211工程”二期重点学科建设计划；交通规划与管理实验室被评为江苏省重点实验室；2004年“道路交通科技创新平台”建设项目被列入国家“教育振兴行动计划”二期工程。
十年来，学院承担国家级科研项目20余项，承接了江阴长江大桥、润扬长江大桥、南京长江二桥、南京地铁工程、杭州湾大桥、苏通大桥等多项重点工程的科技攻关项目，并在全国城市交通管理“畅通工程”中任专家组组长单位；荣获国家级、部省级科技进步奖50多项，其中国家科技进步二等奖4项；发表、出版论文著作近2000篇（部），其中被EI、SCI收录的论文近300多篇。2006年学院的科研经费超过8000万元。
